MolGate — Module 1 Input Validation

STEP 1

基本輸入

SMILES + PDB ID + Target

藥物 SMILES*

Target 名稱*

PDB ID*

藥物顯示名稱（選填）

STEP 2

Index 建立

表單填寫或貼上 JSON

表單填寫

貼上 JSON

HET ID*

蛋白家族*

結構態

共晶配體俗名*

Docking 目標藥物*

Pocket rule

污染 chain

Box padding

備註

預覽 JSON

{}

STEP 3

執行 Module 1

Stage 01 / 02 / 03

允許網路下載 PDB

MODULE 1 完成 ✓

Session ID

—

MW

—

Stage 01

—

Stage 02

—

Stage 03

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Index source

—

LOCAL LLM Gemma 4 2B

需要 Index JSON？複製下方 prompt 去問 AI，把回傳結果貼到「貼上 JSON」tab。

AI Prompt 模板

請幫我生成 MolGate Index JSON。藥物：[drug_name] Target：[target_name] PDB ID：[pdb_id] 需要的欄位： - het_id（去 RCSB 查 CCD 代碼） - family（蛋白家族） - state（bound/active/inactive） - common_name（配體俗名） - target_drug（docking 藥物名） - pocket_rule（格式：cocrystal_ligand:HET） - contaminant_chains（污染鏈，無則 []） - box_padding（預設 10） - override（無則 {}） - notes 請回傳純 JSON，不要其他說明。

填入 SMILES 和 PDB ID 後，Prompt 會自動更新藥物資訊。